• ginekologii onkologicznej (wszystkie typy radykalnych operacji onkologicznych na narządzie rodnym, limfadenektomia miednicy mniejszej, paraaortalna, trachelektomia, operacje odtwórcze, diagnostyka i leczenia oszczędzające zmian typu CIN: kolposkopia, LEEP, krioterapia; diagnostyka nieprawidłowych krwawień z narządu rodnego, zmian na sromie)
• diagnostyki zakażeń wirusem Brodawczaka ludzkiego (HPV). Jako w jednym z nielicznych ośrodków w Polsce prowadzone były badania nad szczepionką przeciw temu wirusowi - jego typom 16, 18, 6, 11.
• uroginekologii (leczenie wysiłkowego nietrzymania moczu, innych postaci wysiłkowego nietrzymania moczu, operacje uroginekologiczne klasyczne, TVT, TOT, TVT-S)
• operacje odtwórcze przepony moczowo-płciowej (opeacje klasyczne, "Prolift)
• klasycznej chirurgii ginekologicznej
• miniinwazyjnych technik leczenia operacyjnego zarówno w ginekologii klasycznej jak i onkologicznej (laparoskopia, histeroskopia)
• diagnostyka i leczenie niepłodności małżeńskiej
• ultrasonograficza diagnostyka narządu rodnego oraz chorób gruczołu piersiowego

W 2008 roku Klinika Ginekologii przeszła generalny remont całkowicie zmieniając swoja strukturę. W chwili obecnej, spełniając wszystkie kryteria Unii Europejskiej, dysponuje nowoczesnym blokiem operacyjnym z 3 klimatyzowanymi salami operacyjnymi, oddziałem ginekologicznym, oddziałem ginekologii septycznej, oddziałem procedur 1-dniowych.

Klinika Ginekologii w swojej strukturze posiada także w pełni zautomatyzowaną pracownię cytologiczną oraz oraz oceny biologii narządu rodnego.

W roku 2008 dzięki staraniom licznych osób (Prof. dr hab. Jana Górskiego - uwczesnego Rektora Uniwersytetu Medycznego w Białymstoku, Prof. dr hab. Mariana Szamatowicza, Prof. dr hab. Piotra Knappa) Klinika Ginekologii wygrywając ogólnopolski konkurs, otrzymała presiżową dotację pochodzącą z Nordic Countries Grant. Dzięki tej dotacji 8 maja 2010 roku została oficjalnie otwarta najnowocześniejsza w Polsce sala operacyjna ("Endo Alfa") wykorzystana do miniinwazyjnych operacji w ginekologii oraz ginekologii onkologicznej.

System ten jest zintegrowaną komputerową jednostką sterującą wszystkimi procedurami podczas wykonywanych zabiegów operacyjnych. Zastosowanie najnowocześniejszych rozwiązań elektronicznych oraz informatycznych sprawił, że możliwym stało się wykonywanie radykalnych zabiegów w ginekologii onkologicznej przy zachowaniu wszelkich procedur medycznych, a także zachowanie często bardzo ważnego efektu dla operowanych kobiet - efektu kosmetycznego. System "Endo Alfa" zapewnia obiektywizację wszystkich wykonywanych podczas zabiegu operacyjnego procedur. Umożliwia zapamiętywanie wszystkich ustawień koniecznych do przeprowadzenia skomplikowanych operacji w ginekologii onkologicznej. To także specjalny system oświetleniowy sali operacyjnej sterujący i mogący być sterowany podczas zabiegów przez lekarza operatora. Specjalny pulpit komputerowy zapewnia natychmiastową, wykonywaną przez zaspół operacyjny modyfikację ustawień całego systemu.

Ze środków tych liczni lekarze Kliniki wyjechali także na zagraniczne stypendia naukowe do najlepszych operacyjnych ośrodków.